據教育部2010年公布的本專科專業就業狀況顯示，生物醫學工程專業的就業率區間處于B+階段，畢業生規模4000-5000人，該專業的平均就業率≥85%。
一般來說，生物醫學工程專業的同學本科畢業后有幾個方向：一是讀研究生繼續深造。如果想在這一領域搞科研，或有更深入的發展就要繼續深造。撇開別的不說，進大學和科研院所的門檻基本都是博士，本科階段的學習只是個基礎。二是進入國家醫療器械司及各級醫療器械檢測所。第三，各級醫院的醫學工程處、設備處、信息中心以及醫學影像科也是畢業生非常愿意去的地方。這些地方工作穩定大多屬于事業單位，競爭壓力也是比較大的。第四，去各大跨國以及國內醫療器械企業，比如GE、SIEMENS、PHILIPS、MEDTRONIC、MAQUET、邁瑞、安科、魚躍等也是非常不錯的選擇。另外，就是各類醫療器械代理公司。
MAQUET公司醫學工程師朱先生說：“我國的生物醫學工程產業還沒發展起來，這個專業的本科生想搞研發是比較難的，很多同學都去考研了。畢業后如果想進入大學、醫院、檢驗科、設備科或實驗室都需要更高的學歷。這個專業男生找工作相對好一點，本科畢業之后鍛煉幾年，很多人可以進公司做工程師。在外地月薪大概3000元，北京、上海大概4000元-5000元左右，工作時間越長越吃香。但前提是要有一定的經驗和技術。”
朱先生表示，國外設備的大量引進，客觀上提高了對醫學工程人才的要求。可以預見，未來的醫學工程師已不僅僅停留在器械安裝、調試等方面，越來越多的客戶需要工程人員是“復合型”人才，能帶給他們更多的增值服務。所以，外語優秀、操作基本功扎實、理論更新速度快的人才，才是未來市場需求的主體。
生物醫學工程專業就業方向：
一是讀研究生繼續深造。如果想在這一領域搞科研，或有更深入的發展就要繼續深造。撇開別的不說，進大學和科研院所的門檻基本都是博士，本科階段的學習只是個基礎。
二是進入國家醫療器械司及各級醫療器械檢測所。
三各級醫院的醫學工程處、設備處、信息中心以及醫學影像科也是畢業生非常愿意去的地方。這些地方工作穩定大多屬于事業單位，競爭壓力也是比較大的。
四去各大跨國以及國內醫療器械企業，比如GE、SIEMENS、PHILIPS、MEDTRONIC、MAQUET、邁瑞、安科、魚躍等也是非常不錯的選擇。另外，就是各類醫療器械代理公司。